Il passaggio da un modello organizzativo ad uno differente porta spesso a degli scombussolamenti e deve fronteggiarsi, sempre, con il fattore inerzia al cambiamento, fattore derivante a volte da malafede e ostruzionismo ma, più spesso, da una reale esigenza fisiologica di opporsi ai cambiamenti che non sono stati sufficientemente metabolizzati.
Logica dei Sistemi è in grado di seguire la transizione da un modello organizzativo ad uno differente sia producendo e mantenendo strumenti quali il Piano di Transizione, sia attivando processi formativi, di fine-tuning, di coinvolgimento e sensibilizzazione, di governo e reportingg verso l'alto.

